X-Men topluluğu ilk kez bir seçim yapmak zorunda kalacaklardır. Yeni bir tedavi yöntemi bulunmuş ve mutantlar alacakları bir ilaç ile normal insanlar gibi yaşayacaklardır. Bu konunun çıkmasının ardından mutantlıların lideri Charles Xavier ve Mogneto arasında düşünce ayrılıkları yaşanmıştır. Düşünce ayrılıklarının daha da artması üzerine savaş artık yaklaşmaktadır. Son bir savaşın temelleri atılmakta ve kazanan kaybedenin esiri olacaktır. Toplumsal bir konuda yeni sorgulamalar getiren bu filmde pek çok düşünce tarzına yer verilmiş.